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單細胞測序技術（single cell sequencing）是指在單個細胞水平上，對基因組、轉錄組、表觀組進行高通量測序分析的一項新技術，它能夠彌補傳統高通量測序的局限性，揭示單個細胞的基因結構和基因表達狀態，反映細胞間的異質性。單細胞轉錄組測序技術廣泛地應用于腫瘤、發育生物學、微生物學、神經科學、以及植物學等領域，具有廣闊的應用前景。