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轉錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內所有轉錄產物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉運RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRNA的集合。蛋白質是行使細胞功能的主要承擔者，蛋白質組是細胞功能和狀態的最直接描述，轉錄組成為研究基因表達的主要手段，轉錄組是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質組的必然紐帶，轉錄水平的調控是研究最多的，也是生物體最重要的調控方式。相對于傳統芯片而言，RNA-Seq無需預先設計探針，即可對任意物種的任意細胞類型的轉錄組進行檢測，能夠提供更精確的數字化信號，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍，是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。